A fost infiintata prin Decretul nr.198 din 13 august 1948 si isi incepe activitatea la 24 ianuarie 1949, in cladirea vechii Academii Mihailene, sub conducerea acad. Radu Cernatescu, ales, prin ceea ce a lasat valoros, fecund si trainic inaintasii, situand-o in prelungirea acestor traditii ale Iasului cultural stiintific.
        La infiintare, filiala avea 5 membri titulari si corespondenti si 12 cercetatori stiintifici, care isi desfasurau activitatea in urmatoarele institute si colective:

• Institutul de matematica
• Institutul de chimie
• Institutul de istorie si filologie
• Colectivul de cercetari medicale

Ulterior, filiala a cunoscut o ascensiune vadita (12 membri titulari si corepondenti, patru institute, trei centre si doua sectii de cercetare etc.) pana in 1974, cand printr-o reorganizare impusa, a fost supusa unui proces de restrangere si anihilare a activitatii, prin desprinderea unitatilor de cercetare (trecerea acestora la Ministerul Invatamantului sau alte ministere de profil) si inghetarea alegerii de membri ai Academiei (la sfrsitul anului 1989, filiala avea 5 membri titulari si corespondenti).
        Cu toate aceste incercari grele prin care a trecut filiala, la care s-a adaugat si dezafectarea cladirii Academiei Mihailene din 1963, prin eforturi deosebite, cu fonduri de la Fundatia "M. H. Elias" s-a construit un nou local, dat in folosinta in 1982, sediul actual al acesteia.
        Renasterea Academiei Romane, ca si a filialei Iesene, prin Decret-Lege nr.4/'90, a redus sub egida acesteia (chiar daca numai partial), unitatile de cercetare cedate in 1974 si a creat alte unitati noi.
        Prin Legea de organizare si functionare a Academiei (noiembrie 2001) s-a statuat cadrul juridic si organizatoric al acesteia, care raspunde exigentelor si cerintelor noii etape de dezvoltare.
        In prezent filiala este condusa de acad. Viorel Barbu, presedintele acesteia si prof. dr. Constantin Toma, m.c., secretarul Biroului Filialei. Are 19 membri titulari si corespondenti, doi de onoare din tara si opt din R. Moldova si Ucraina.
        Activitatea de cercetare cu precadere fundamentala se desfasoara in urmatoarele unitati proprii:

• Institutul de filologie Romana "A. Philippide";
• Institutul de Istorie "A. D. Xenopol";
• Institutul de Arheologie;
• Institutul de Matematica "O. Mayer";
• Institutul de Cercetari Economice "Gh. Zane";
• Institutul de Informatica Teoretica;
• Institutul de Stiinte Socio - Umane;
• Institutul de Chimie Macromoleculara "P. Poni";
• Centrul de Cercetare pentru Oenologie;
• Centrul pentru Studierea Problemelor Bucovinei;
• Colectivul de istorie si civilizatie europeana;
• Colectivul de geografie;
• Sectia de cercetari antropologice;
• Laboratorul de fiziologie experimentala si aplicata;

        De asemenea, functioneaza 19 comisii, subcomisii si colective de lucru, conduse de personalitati din lumea stiintifica ieseana ca si redactia a trei reviste ("Memoriile Sectiilor Stiintifice ale Academiei Romane"; "Cellulose Chemistry and Technology" si "Sisteme fuzzy si Inteligenta Artificiala") de prestigiu international si o Biblioteca cu caracter enciclopedic.
        Filiala organizeaza numeroase manifestari stiintifice (sedinte de comunicari lunare, simpozioane, sesiuni stiintifice, mese rotunde, dezbateri, conferinte si comemorari).
Anul academic se incheie printr-o ampla manifestare stiintifica "Zilele academice Iesene" care reprezinta raportul public al activitatii de cercetare din unitatile proprii.